В МАОУ СОШ №16 осуществляются следующие образовательные программы:
- Основная образовательная программа начального общего образования (ФГОС) муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа №16» города Губкина Белгородской области.
- Адаптированная основная общеобразовательная программа начального общего образования обучающихся с задержкой психического развития (вариант 7.1).
- Адаптированная основная общеобразовательная программа начального общего образования обучающихся с задержкой психического развития (вариант 7.2).
- Адаптированная основная общеобразовательная программа начального общего образования обучающихся с тяжелыми нарушениями речи. (Вариант 5.1).
- Адаптированная основная общеобразовательная программа начального общего образования обучающихся с умственной отсталостью (интеллектуальными нарушениями) (Вариант 1).
- Адаптированная основная общеобразовательная программа начального общего образования слабослышащих и позднооглохших обучающихся (вариант 2.2).
- Адаптированная основная общеобразовательная программа основного общего образования обучающихся с задержкой психического развития.
- Основная образовательная программа основного общего образования (ФГОС) муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа №16» города Губкина Белгородской области.
- Основная образовательная программа среднего общего образования (ФГОС) муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа №16» города Губкина Белгородской области.